	// Exemple de photos multicanaux, en deux couleurs (bleu et vert), au format JPEG

	// Recherche du rpertoire  analyser puis slection et ouverture automatique des photos dans le rpertoire

dir = getDirectory("Choose a Directory ");
list = getFileList(dir);
for (i=0;i<list.length; i++) {
        path = dir+list[i];
        showProgress(i, list.length);
        if (!endsWith(path,"/")) open(path);
        if (nImages>=1) {
	
	// Sparation des  merges  en deux photos.

run("RGB Split");

	// Slection de limage et dbut de la squence danalyse choisie pour le canal blue ou selon les cas le canal dsir

//selectWindow(list[i]+" (blue)");

selectWindow("C2-" + list[i]);

setThreshold(480, 4095);
run("Convert to Mask");
run("Nucleus Counter", "smallest=1 largest=1000 threshold=Current smooth=[Median 3x3] watershed");
run("Measure");

	// Macro de sauvegarde des donnes en fichier Excel avec chemin de daccs au rpertoire pour les  blue  renomm le non du fichier plus la racine  bleu 

run("Excel...", "select...=[C:\\Documents and Settings\\jerome\\Bureau\\resultats-test\\"+list[i]+" bleu.xls]");

	// remise  zro du compteur 

run("Clear Results");

	// Slection de limage et dbut de la squence de l'analyse choisie pour le canal green

//selectWindow(list[i]+" (green)");
selectWindow("C1-" + list[i]);

setThreshold(350, 4095);
run("Convert to Mask");
run("Measure");

	// Macro de sauvegarde des donnes en fichier Excel avec chemin de daccs au rpertoire pour les  green renomm le non du fichier plus la racine  bleu 

run("Excel...", "select...=[C:\\Documents and Settings\\jerome\\Bureau\\resultats-test\\"+list[i]+"vert.xls]");

	// Fermeture des images ouvertes puis passage  la photo n+1

run("Window Closer"); 
}}


